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研究的物种蛋白质结构、功能生物电子金相试样抛光机蛋白质定性可能会包括结构、功能和遗传学的信息，要进行这样的研究很可能会需要至少克级量的纯蛋白质。理想的纯化应当步骤少、每步的回收率高，然而，如果每步的回收率差(<50％)，应当有一些指标来表明是什么原因导致了活性损失，是因为追求纯度而丢弃在其他组分中了，还是活性真的损失了。如果是后一种情况，终产物的活性会低于总活性，尽管用标准分析会显示很好的同质性(homogeneity)。在每一步的回收率和纯化效果之间的选择会是一个问题，取层析峰的一个窄截取(cut)峰会得到很纯的组分，但是在另一方面也损失了大量的较低纯度的活性成分，在做这样的抉择时，必须要遵循这样的准则：如果产量不重要，那么为了纯度而选择低产量就合乎逻辑。 蛋白质纯化的原料 对于从事蛋白质纯化项目的许多人来说，原料是无法选择的，他们正在研究某一特定的生物组织或器官，目的是从这种原料中纯化某种蛋白质，但是仍然可以找到一些稍简单的方法。例如，如果很难得到大量的原料，***好先用易得原料的物种进行试验，典型的例子是：当所研究的物种是人时，由于实际情况和(或)道德的原因而不容易得到组织样品。在这种情况下，通常到容易得到哺乳动物组织的地方(如屠宰场)，使用牛、绵羊或猪的替代原料进行试验，一旦设计出一种从替代原料中纯化蛋白质的方案，那么要研制一种从人原料中纯化蛋白质的方案就会容易得多——使用完全相同的方法就会取得满意的效果。在大约1亿年(这是将大多数高等哺乳动物分类在一起的一个时间范围)间分化的物种之间，蛋白质含量的差异十分微小，这样，来源于不同动物的蛋白质用各种分级分离的方法分离时，其分离行为很可能相似。如用猪的组织设计出的一种方案很可能只需要进行很小的修改就可以用在人的组织上。 另外主要关注蛋白质(特别是酶)的功能。在整个进化过程中，通常情况下，哪些功能和作用是十分保守的?在这种情况下，对可能的原料来源进行初步的筛选，***好也对文献进行初步的筛选，然后再确定适合于研究目的的原料。
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