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样品的固定-取样后使用立体金相试样镶嵌机对样品筛选根茎系统。部分岸边生植物(例如，桤木)中的一部分根茎系统自由伸展在水中。这类植物的取样和苔藓类大型植物一样。其他水生双子叶植物的根茎则深入到基质中。此种情况下，则需要将其根部以上的梗切割下来，并拔出放置在抄网中。测量结果可表述成每尺植物的无脊椎动物数量(或生物量)。 静水区域 上述大部分微生境都位于静水区域，因此可通过相同的方法进行取样；但有时可能需要用浮游生物网对水柱进行取样。 定性取样 定量取样所使用的方法同样也可以用于定性取样，但定性取样的测量结果表述没有限制。 样品的固定 ***佳的方法就是在取样完成后立即对样品进行筛选。此时的生物仍然为活体并容易识别，因为一般情况下这些生物还可以移动，即使体型为1～2mm的生物也可很好地识别。如果确实无法进行上述操作，则必须使用如10％甲醛的固定液将样品固定。在实验室中，必须将多余的甲醛去掉(甲醛被认为具有致癌作用)，并将多余的甲醛收集起来；然后将样品放置在和取样中所使用的抄网孔径一致的筛子上进行清洗。随后，我们使用低放大率的光学金相试样镶嵌机对样品进行筛选。在进行更加详细的鉴定之前，应将挑选出来的样品放置在含有酒精(浓度至少应为70％)的器具中。
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